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Nach der Aufnahme von S. typhi oder S. paratyphi haften die Salmonellen an der Darmschleimhaut und durchdringen diese. So gelangen sie in die Mesenterialdrüsen und in die Blutbahn und verursachen eine primäre Bakteriämie. Die Salmonellen werden dann von retikulo-endothelialen Geweben wie Leber, Milz und Knochenmark aufgenommen, wo sie sich 7 bis 21 Tage lang vermehren.
Nach dieser anfänglichen Inkubationszeit kommt es zu einer sekundären Bakteriämie, bei der eine große Anzahl von Salmonellen in die Blutbahn freigesetzt wird. Dies entspricht dem Auftreten der ersten Symptome.
Während dieser symptomatischen Phase sind die Nieren und die Gallenblase betroffen, wahrscheinlich aufgrund der direkten Verbreitung von Salmonellen aus der Leber. Die betroffenen Peyer'schen Flecken können später auch ulzerieren, was zu Blutungen oder Perforationen führen kann. Es kommt auch zu anhaltendem Fieber, das wahrscheinlich aus einer Kombination der Auswirkungen von Endotoxin und freigesetzten Pyrogenen resultiert.
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