Mikroskopisch gesehen sind Mastzellen eiförmig und haben einen kleinen, kugelförmigen Kern, der von den ihn umgebenden zytoplasmatischen Granula praktisch überschwemmt wird. Die Granula färben stark mit basischen Farbstoffen.
Ultrastrukturelle Untersuchungen zeigen wenig synthetische Maschinen im Zytoplasma, z. B. wenig Mitochondrien. Die Granula sind teilkristallin und membranbegrenzt. Sie enthalten eine Reihe von aktiven Substanzen, die bei der Degranulation freigesetzt werden.
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