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Diese Phase der Malaria tritt nach der Einschleppung von Sporozoiten, der infektiösen Form des Parasiten, durch die Haut durch die Anopheles-Mücke auf.
In dieser Phase ist der Patient asymptomatisch und nicht infektiös. Sporozoiten, die nicht von der körpereigenen Abwehr entfernt werden, wandern in die Leber und entwickeln sich weiter. Nach einem variablen Zeitraum werden die Mikromerozoiten freigesetzt. Sporozoiten von P. vivax und P. ovale können in Form von Hypnozoiten in der Leber verbleiben.
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