Die Phagozytose erfordert zunächst die Erkennung des Zielobjekts. Für die meisten Zielmikroorganismen bedeutet dies eine Beschichtung mit löslichen Substanzen - Opsoninen -, die im Plasma zirkulieren. Die mit Opsonin beschichtete Mikrobe kann dann an der Zelloberfläche der Phagozyten haften.
Nach dem Anhaften beginnt der Phagozyt, die Mikrobe zu verschlingen:
Der Phagozyt wirft langsam Pseudopods um das Ziel, bis es auf der anderen Seite wieder auftaucht. Der gefangene Organismus oder Partikel wird als Phagosom bezeichnet. Es hat eine begrenzende äußere Membran, die sich von der Lipiddoppelschicht des Phagozyten gelöst hat.
Auf das Einschließen folgt in der Regel die Verschmelzung des Phagosoms mit einem Lysosom, wodurch die phagosomale Zerstörung ausgelöst wird.
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