In der normalen Embryologie wächst die Harnröhrenscheidewand nach unten in Richtung der Kloakenmembran zwischen Hinterdarm und Allantois. Das Stadium des Scheiterns dieses Wachstums bestimmt die Art der Anomalie, die sich entwickelt.
Es wird angenommen, dass die Analmembran in der achten Schwangerschaftswoche zusammenbricht; wenn dies nicht geschieht, entsteht der klassische imperforierte Anus.
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