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Es wird angenommen, dass Keratokanthome aus Haarfollikeln entstehen. Der natürliche Verlauf einer typischen Läsion spricht dafür: Ähnlich wie beim Wachstumszyklus eines Haares gibt es eine Phase des schnellen Wachstums, gefolgt von einer schnellen Rückbildung. Eine weitere vermutete Ursache für die Rückbildung ist die "Abstoßung" durch das Immunsystem, aber dafür gibt es kaum Belege.
Zunächst kommt es innerhalb des Haarfollikels zu einer Verdickung der Wände als Folge einer Überwucherung der Epidermis. Dadurch wird der Haarschaft bald beeinträchtigt und zerstört. Es wird übermäßig viel Keratin produziert, das einen zentralen Pfropfen in der Läsion bildet. Die Epithelzellen zeigen Anzeichen einer Proliferation mit vielen Mitosen.
Darauf folgt eine statische Phase mit wenigen Mitosen. Schließlich kommt es zur Regression, wobei die verbleibenden Epithelzellen verhornen. Im umgebenden Stroma kommt es zu einer Entzündungsreaktion. Differenzielles Wachstum sorgt dafür, dass die Läsion in der Regel bis zur Oberfläche aufsteigt, wo sich der keratinöse Pfropf ablöst. Eine Narbe ist die übliche Folge.
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