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Phagozyten können verschlungene Mikroben auch durch Mechanismen abtöten, die keinen aeroben Stoffwechsel beinhalten. Dazu gehört die Senkung des pH-Werts in den Phagolysosomen durch die Wirkung von Säurehydrolasen.
Außerdem gibt es eine Reihe von Enzymen in den neutrophilen Granula, die die Zerstörung von Mikroben unterstützen, z. B:
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