Das Waardenburg-Syndrom ist wahrscheinlich eine Störung der Neuralleistenwanderung, die autosomal dominant vererbt wird.
Die Störung wurde auf dem distalen Teil von Chromosom 2 kartiert. Einige Familien weisen Mutationen im Gen Pax-3 auf, das an der Steuerung der embryologischen Entwicklung beteiligt ist.
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