Die Ursachen der primären und sekundären Amenorrhoe überschneiden sich, aber die Unterscheidung ist informativ. Die sekundäre Amenorrhoe deutet auf einen intakten unteren Genitaltrakt, ein Endometrium, das auf die Eierstockhormone anspricht, und Eierstöcke, die auf die Gonadotropine ansprechen, hin. Ausnahmen sind chirurgische Eingriffe an der Gebärmutterschleimhaut oder am Gebärmutterhals, die nur selten intrauterine Adhäsionen bzw. eine Zervixstenose verursachen.
Angeborene Störungen äußern sich in der Regel als primäre Amenorrhoe, zum Beispiel:
Jede Ursache einer sekundären Amenorrhoe kann sich jedoch als primäre Amenorrhoe darstellen, wenn sie vor dem 16. Lebensjahr auftritt.
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