Die Behandlung dieser Erkrankung ist chirurgisch und umfasst die Entfernung des aganglionären Segments und eine anschließende Anastomose zum Analkanal, wenn möglich. Die erste Behandlung im Neugeborenenalter besteht in einer Kolostomie, um die Obstruktion zu lösen und eine Enterokolitis zu verhindern.
Eine endgültige Operation wird dann im Alter von sechs bis neun Monaten durchgeführt. Dabei kommen verschiedene Resektions- und Anastomoseverfahren zur Anwendung - siehe Menü -, die jedoch alle mit der Entnahme von Gefrierschnitten zur histologischen Analyse kombiniert werden. Postoperative Komplikationen wie Verstopfung, Inkontinenz und Diarrhö treten bei 6-12 % der Patienten auf.
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