Die Diagnose kann aufgrund der klinischen Befunde vermutet werden und wird durch eine:
- Rektalbiopsie, die meist in Narkose als Stanz- oder Saugbiopsie gewonnen wird. Eine positive Biopsie dokumentiert das Fehlen von Ganglienzellen; dies kann durch eine Färbung für Acetylcholinesterase bestätigt werden
- Anorektale Manometrie: Die rektale Dehnung zeigt das Fehlen des normalen rektoanalen Hemmreflexes
- Bariumeinlauf: zeigt ein nicht dilatiertes Rektum, eine schmale Übergangszone und einen stark dilatierten proximalen Darm.
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