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Häufig werden bei der Operation große Peyer-Flecken festgestellt, was zu der Vermutung führt, dass es eine infektiöse Ätiologie für diesen Zustand geben könnte. Es wurde ein Adenovirus vermutet. Die vergrößerten Peyer'schen Flecken bilden eine Achse, auf der der Prozess der Invagination stattfinden kann.
Polypen und ein Meckel'sches Divertikel können ähnlich wie vergrößerte Peyer-Plaques eine Prädisposition für diese Erkrankung darstellen.
Eine Invagination kann auch bei Henoch-Schonlein-Purpura auftreten.
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