Das mittlere Gesichtsdrittel entwickelt sich durch die Wanderung und Verschmelzung von mesodermalen Falten, die von Ektoderm bedeckt sind. Eine einseitige, beidseitige oder, selten, mediane Lippenspalte ist das Ergebnis einer fehlenden Fusion des primären Gaumens.
Der sekundäre Gaumen entwickelt sich aus Falten auf beiden Seiten der Zunge. Diese Falten erheben sich über die Zunge und verschmelzen in der Mittellinie zum echten Gaumen. Eine Gaumenspalte entsteht, wenn die Gewebewanderung ungeordnet ist oder durch die Zunge behindert wird. Seltener wird eine Gaumenspalte durch einen kleinen Unterkiefer verursacht.
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