Ein in der Gentechnik häufig auftretendes Problem ist die Frage, wie sich DNA-Sequenzen aus komplexen Gemischen am besten isolieren lassen. Dazu gibt es mehrere Ansätze:
- Erstellen einer DNA-Bibliothek. Dabei wird die genomische DNA mit Hilfe eines Restriktionsendonuklease-Enzyms in viele Fragmente zerlegt, die dann alle in Vektoren eingebracht werden. Die Vektoren werden dann unabhängig voneinander vervielfältigt.
- Erstellen einer komplementären DNA-Bibliothek. Die Boten-RNA aus dem interessierenden Gewebe wird durch ein reverses Transkriptase-Enzym in cDNA umgewandelt. Die cDNA wird vor dem endgültigen Klonen durch ein Polymerase-Enzym in DNA umgewandelt. Im Allgemeinen unterscheidet sich die cDNA von der DNA, aus der sie ursprünglich stammt, da sie indirekt aus mRNA ohne Introns hergestellt wurde - sie wurde einer posttranslationalen Modifikation unterzogen.
- eine Oligonukleotid-Sonde zu synthetisieren. Dies erfordert die Kenntnis der Aminosäuresequenz des gesamten oder eines Teils des zu untersuchenden Proteinprodukts. Die Sonde wird aus Basenpaaren hergestellt, die als Vorlage für das postulierte Protein benötigt würden. Die radioaktiv markierte Sonde ist in der Lage, an ihre komplementäre Sequenz aus einer Bibliothek von Alternativen zu binden.
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