DNA-Segmente können durch den Unterschied zwischen Basenpaaren auf einem Chromosomenpaar identifiziert werden. Diese Unterschiede können so minimal sein wie ein Basenpaar von fünfhundert, reichen aber aus, um einem Restriktionsenzym eine veränderte Stelle für die DNA-Spaltung zu bieten. Folglich entstehen nach dem Verdau neue Längen von DNA-Fragmenten mit unterschiedlicher Zusammensetzung.
Die Fragmente werden mit Hilfe der Agarosegel-Elektrophorese nach ihrem Molekulargewicht aufgetrennt. Anschließend wird die DNA denaturiert, um einzelsträngige Moleküle zu erhalten. Diese werden auf Nitrocellulosepapier übertragen, das die DNA bindet. Die Position der einzelsträngigen DNA-Moleküle auf dem Blotting-Papier stimmt genau mit ihrer ursprünglichen Position auf dem Gel überein. Anschließend wird eine vollständig charakterisierte Gensonde verwendet, die an komplementäre Regionen von Interesse bindet. Das Muster, das die Sonde aufnimmt, wie es durch Kontrastverfahren, z. B. Autoradiographie, sichtbar wird, zeigt den DNA-Abschnitt an, in dem sich das betreffende Gen befindet. Wenn die Sonde aus komplementärer DNA zu denaturierter DNA besteht, wird der gesamte Prozess als Southern Blotting bezeichnet. Es gibt auch Techniken zur Verwendung von Sonden für RNA - Northern Blotting - und Protein - Western Blotting.
Das Vorhandensein bestimmter Fragmente kann in Verbindung mit einem Stammbaum verwendet werden, um festzustellen, welcher Teil eines Chromosoms ein delitäres Gen trägt. Das DNA-Fragment wird als Marker für Gene an seiner Stelle verwendet, die sich im Genotyp einer Familie manifestiert haben.
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