Anticholinergika, z. B. Atropin, und Arzneimittel mit anticholinergen Wirkungen, z. B. Imipramin und Amitriptylin, wirken der prokinetischen Wirkung von Cisaprid entgegen.
Arzneimittel, die den Metabolismus von Cisaprid hemmen, z. B. Clarithromycin, Erythromycin, Fluconazol, Itraconazol, Ketoconazol und Miconazol, wurden mit einer Verlängerung des QT-Intervalls in Verbindung gebracht. Dies kann zu lebensbedrohlichen Herzrhythmusstörungen führen.
Cisaprid kann bei Patienten, die Antikoagulanzien einnehmen, die Prothrombinzeit verlängern; die Blutgerinnung sollte regelmäßig kontrolliert werden.
Die sedierende Wirkung von Alkohol und Benzodiazepinen kann durch Cisaprid beschleunigt werden.
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