Eine akute Erkrankung wird durch den Nachweis der Parasiten diagnostiziert. Die aktiven, zirkulierenden Formen von T. cruzi können häufig bei der mikroskopischen Untersuchung von antikoaguliertem Blut oder Buffy Coat oder bei gefärbten Abstrichen nachgewiesen werden. Bei immunsupprimierten Patienten können die Parasiten im Knochenmark, im Liquor und in der Herzbeutelflüssigkeit nachgewiesen werden.
Eine chronische Erkrankung wird durch spezifische Antikörper gegen Parasitenantigene nachgewiesen. Zum Zeitpunkt der Erstellung dieses Berichts wurde nur ein Test für Antikörper von der Food and Drug Administration anerkannt (Chaga's IgG ELISA, Gull Laboratories, Salt Lake City). Die Centers for Disease Control bieten auch serologische Tests durch Komplementfixierung und indirekte Immunfluoreszenz an.
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