Protozoen werden in drei Phylla eingeteilt, die wie folgt unterteilt sind:
- sarcomastigophora
- Sarkodindia - Amöben
- Mastigophora
- intestinal - Giardien
- genital - Trichomonaden
- Blut und Gewebe - Trypanosoma und Leishmania
- Ampicomplexa - Sporozoen
- Blut - Plasmodium-Arten
- Gewebe - Toxoplasma
- Darm - Cryptosporidium (þ Lunge - Pneumocystis wurde kürzlich als Pilz neu eingestuft)
- Ciliophora
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