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Das Auftreten von PCP bei einem Patienten ist ein Indikator dafür, dass an anderer Stelle etwas ernsthaft schief läuft. Tritt sie in Verbindung mit einer HIV-Infektion auf, liegt die Sterblichkeitsrate bei 10 %, und die Überlebenswahrscheinlichkeit nach 2 oder 3 Jahren beträgt grob gesagt 50 %.
Die schlechte Prognose wird durch die Verabreichung von prophylaktischen Antibiotika (Co-Trimoxazol und inhalatives Pentamidin) an Menschen mit bekannter HIV-Infektion vorweggenommen, wenn deren CD4-positiver Wert unter 200 fällt.
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