Histologisch lässt sich der erwachsene Thymus durch seine Konzentration von homogenem faserigem Fettgewebe charakterisieren. Vor der Einlagerung von Fett - ab der späten Pubertät - ist er gekennzeichnet durch:
Die Blutgefäße innerhalb der Trabekel sind von den Lymphozyten des Kortex und des äußeren Marks durch eine komplexe Anordnung von Bindegewebe, Epithel- und anderen Zellen getrennt. Funktionell scheint diese Anordnung den Übergang großer Moleküle von den Gefäßen zum Thymus und umgekehrt zu behindern. Sie wird als Blut-Thymus-Schranke bezeichnet.
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