Die motorische Komponente des Hirnnervs IX beginnt im rostralen Teil des Nucleus ambiguus in der retikulären Formation der Medulla. Der Nucleus erhält Input aus dem Kortex.
Der Nervus glossopharyngeus verlässt den Nucleus durch das Foramen jugulare, um zusammen mit dem Nervus vagus seitlich an der Rachenwand abzusteigen. Der Nerv verläuft zwischen den oberen und mittleren Konstriktoren und versorgt den Musculus stylopharyngeus und auch die oberen Konstriktoren.
Eine Störung der Innervation der motorischen Komponente des Nervus glossopharyngeus führt zu einer abnormalen Kontrolle des Gaumens und des Pharynx und damit zu Dysphagie.
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