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Ein mykotisches Aneurysma ist das Ergebnis einer Embolisation von infiziertem thrombotischem Material aus einer infizierten Herzklappe oder einer anderen Quelle. Der häufigste Ort für die Einnistung sind Äste der mittleren Hirnarterie, wo die bakterielle Proliferation eine Entzündung hervorruft und die Intergrität der Arterienwand verringert, was zu einer Ruptur mit intrazerebralen und subarachnoidalen Blutungen führt. Seltener kommt es zu einem Hirnabszess und einer eitrigen Meningitis.
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