Hypervariable Regionen sind Introns innerhalb der Kern-DNA, die 6-8 Basenpaare enthalten, die sich zyklisch auf demselben Abschnitt wiederholen. Guanin und Cytosin treten besonders häufig und in Verbindung miteinander auf. Die Anzahl der Wiederholungen der hypervariablen Region ist hochgradig polymorph und nahezu einzigartig für das Individuum. Sie sind für den DNA-Fingerprinting-Prozess von wesentlicher Bedeutung.
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