80 % der Fälle sind auf E. coli zurückzuführen - die meisten auf eine bestimmte Untergruppe von E. coli (uropathogene Stämme). Diese Stämme besitzen spezifische Virulenzfaktoren, die es ihnen ermöglichen, den oberen Harntrakt normaler, gesunder Menschen zu infizieren.
- Die uropathogenen E.coli gehören zu einer kleinen Anzahl von O:K:H-Serotypgruppen. Sie produzieren in der Regel sowohl Hämolysin als auch Aerobactin. In der Regel haben sie auch spezifische, mit Pyelonephritis assoziierte Pili, die die Anheftung an Uroepithelzellen vermitteln.
- andere Organismen sind in der Regel mit strukturellen Anomalien verbunden, z. B. Proteus, Staphylokokken, Streptokokken, Klebsiella, Pseudomonas
- Tuberkulose verursacht in der Regel eine "sterile" Pyrurie.
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