Los abscesos perianales suelen formarse como resultado de una infección que surge en una glándula perianal. Hay entre 10 y 15 de estas glándulas situadas entre los esfínteres anal interno y externo. Drenan en pequeñas fosas en las bases de las columnas anales a lo largo de la línea dentada. Los conductos por los que drenan las glándulas son muy pequeños y pueden obstruirse con las heces, iniciando así una infección. El absceso resultante se sitúa entre los esfínteres anales y tiende a dirigirse hacia la piel del margen anal. Puede producirse una diseminación lateral hacia la fosa isquiorrectal o, en raras ocasiones, superiormente por encima del elevador del ano hacia la fosa pararectal.
Existen diversas afecciones que predisponen a los abscesos perianales, como la tuberculosis, la actinomicosis, el carcinoma mucinoso y la enfermedad inflamatoria intestinal, especialmente la enfermedad de Crohn.
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