En embriología normal, el tabique urorrectal crece hacia abajo, hacia la membrana cloacal, entre el intestino posterior y la alantoides. La fase en la que se produce el fallo de este crecimiento dicta el tipo de anomalia que se desarrolla.
Se supone que la membrana anal se rompe a las ocho semanas de gestación; el fracaso de este proceso da lugar al ano imperforado clásico.
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