Un microscopio de barrido confocal utiliza un rayo láser con una profundidad de enfoque muy pequeña. El alto grado de convergencia de la radiación láser permite enfocar secciones muy pequeñas -de forma óptima, 1 micrómetro- a través de una célula individual. El haz incidente es parcialmente absorbido por la célula, a menudo marcada con compuestos fluorescentes, y la luz transmitida es detectada por un fotomultiplicador.
Mediante análisis informático, la señal del fotomultiplicador a distintas profundidades puede utilizarse para reconstruir una imagen tridimensional de la célula.
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