El tratamiento inicial de los cálculos biliares en el árbol biliar puede consistir en estabilizar al paciente si hay infección. Esto implica líquidos intravenosos, analgesia y antibióticos.
La mejor forma de extraer un cálculo es mediante CPRE, esfinterotomía y extracción con cesta o balón de Dormia. La CPRE sólo tiene éxito en el 90% de los pacientes. Los cálculos grandes son difíciles de extraer. Estos pacientes necesitan una exploración quirúrgica de los conductos biliares, la extracción de los cálculos y el cierre del conducto sobre un tubo en T. Normalmente, el tubo en T se retira diez días después de una colangiografía.
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