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Los fagocitos también pueden eliminar los microbios engullidos mediante mecanismos que no implican un metabolismo aeróbico. Esto incluye la reducción del pH dentro de los fagolisosomas por la acción de hidrolasas ácidas.
Además, existen diversas enzimas en los gránulos de los neutrófilos que contribuyen a la destrucción de los microbios, por ejemplo
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