El pronóstico de la enfermedad depende en gran medida del tipo de lesión, el momento de la intervención quirúrgica y la motivación del niño y/o sus padres.
Aproximadamente un tercio de los niños cuyo mielomeningocele no ha sido operado precozmente sobrevivirán para entrar en la escuela 5 años después. Alrededor de un tercio de los supervivientes se quedarán en silla de ruedas o verán muy limitada su movilidad. Alrededor del 85% tendrá incontinencia urinaria y, a los 16 años, la función del tracto renal superior estará gravemente comprometida. Su coeficiente intelectual puede estar en el límite o ser subnormal.
Los pacientes operados precozmente pueden tener una esperanza de vida casi normal.
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