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Las causas de la amenorrea primaria y secundaria se solapan, pero la distinción es informativa. La amenorrea secundaria indica un tracto genital inferior permeable, un endometrio que ha respondido a las hormonas ováricas y ovarios que han respondido a las gonadotropinas. Las excepciones son las intervenciones quirúrgicas en el endometrio o el cuello uterino, que raramente provocan adherencias intrauterinas o estenosis cervical, respectivamente.
Los trastornos congénitos suelen presentarse como amenorrea primaria, por ejemplo
Sin embargo, cualquier causa de amenorrea secundaria puede presentarse como amenorrea primaria si se produce antes de los 16 años.
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