Al nacer suele haber un agrandamiento del clítoris y una membrana cloacal. Esto se asemeja a un niño con hipospadias y testículos no descendidos. En los casos debidos a hiperplasia suprarrenal congénita, la vida del bebé puede correr peligro debido a un síndrome de pérdida de sal por deficiencia de aldosterona asociada.
La masculinización en la hiperplasia congénita puede ocurrir después del nacimiento. Esto se debe a que durante el desarrollo fetal la falta de cortisol fetal se compensa con la producción de cortisol materno. Después del nacimiento la falta de cortisol resultará en un exceso de secreción de ACTH del bebé. Esto provocará un exceso de estimulación de la vía bloqueada para la producción de cortisol del bebé y, por tanto, un exceso de producción de productos anteriores al bloqueo de la vía enzimática, es decir, andrógenos.
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