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La prueba de referencia en caso de sospecha de sobrecrecimiento bacteriano del intestino delgado es la aspiración del intestino delgado. La prueba es invasiva y tiene una tasa significativa de falsos negativos.
La aspiración del intestino delgado se realiza convenientemente cuando se está realizando una biopsia para excluir otras causas de malabsorción; utilizando una cánula preesterilizada y enfundada, las muestras de 2 ml deben transportarse rápidamente al laboratorio para su cultivo aeróbico y anaeróbico.
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