La extracción endoscópica de cálculos del árbol biliar puede realizarse después de que una esfinterotomía adecuada haya creado una abertura lo suficientemente amplia para el paso del cálculo. Los cálculos de más de 1,5 cm deben fragmentarse antes de proceder a su extracción. Esto puede implicar la disolución química a través de un catéter, es decir, metiltertbutiléter (MTBE) para los cálculos de colesterol, o litotricia, por ejemplo, electrohidráulica endoscópica, láser pulsado endoscópico, o medios de ondas de choque extracorpóreas.
En el caso de cálculos más pequeños en el conducto biliar común, se introduce un catéter con globo más allá del lugar donde se encuentran, se distiende y se tira de él en sentido proximal. El efecto es empujar los cálculos hacia el duodeno. También se puede utilizar una cesta de alambre tipo "Dormia". Se empuja más allá de los cálculos y luego se abre. A continuación, se tira de ella en sentido proximal para atrapar los cálculos.
Si se deja un cálculo in situ, se han utilizado con éxito catéteres nasobiliares y endoprótesis biliares para permitir el drenaje durante distintos periodos.
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