Los lunares hidatiformes completos suelen tener un cariotipo 46 XX pero con los dos cromosomas X derivados del padre. El pronúcleo femenino del óvulo fecundado degenera y la mola se desarrolla por duplicación del pronúcleo masculino. Una minoría son 46 XY. Muy raramente, los lunares hidatiformes completos se asocian a un feto.
Los lunares incompletos suelen tener un cariotipo triploide, el 80% de los cuales son 69 XXY. El resto son 69 XXX o 69 XYY. Ocasionalmente, se encuentran patrones en mosaico. La mayoría de los lunares incompletos se asocian a un feto triploide y defectuoso.
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