El diagnóstico se realiza mediante el aislamiento de Clostridium botulinum de las heces del paciente o de alimentos sospechosos, o mediante la detección de la toxina en el suero o las heces del paciente.
La estimulación nerviosa repetitiva muestra una disminución del potencial de acción muscular evocado a velocidades lentas de estimulación, pero un aumento de la amplitud durante la estimulación a frecuencias más rápidas: un defecto presináptico típico.
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