La fase secundaria del pian se caracteriza por múltiples lesiones cutáneas, especialmente alrededor de las uniones mucocutáneas, que varían de 5 a 20 mm de diámetro. Pueden formar costras. Pican pero rara vez duelen, excepto en las plantas de los pies. Se curan espontáneamente al cabo de unos meses, y puede haber cosechas sucesivas separadas por meses o años.
Las lesiones óseas se producen en los huesos largos del antebrazo y las piernas, donde hay osteítis y periosteítis. La deposición de hueso nuevo alrededor de la nariz causa una deformidad facial conocida como goundou.
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