Los protozoos se clasifican en tres filos, con la siguiente subdivisión
- sarcomastigophora
- sarcodindia - amebiae
- mastigophora
- intestinal - giardia
- genital - trichomonas
- sangre y tejidos: tripanosoma y leishmania
- ampicomplexa - esporozoos
- sangre: especies de plasmodium
- tejidos: toxoplasma
- intestino: cryptosporidium (pulmón: pneumocystis se ha reclasificado recientemente como hongo)
- ciliophora
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