El metronidazol inhibe la aldehído deshidrogenasa y provoca la acumulación de acetaldehído en el torrente sanguíneo. Al consumir alcohol se produce una reacción similar a la del disulfiram y el paciente puede quejarse de síntomas como rubor facial, dolor de cabeza punzante y palpitaciones. Un paciente que tome metronidazol por vía oral debe abstenerse de beber alcohol mientras esté tomando metronidazol y durante 48 horas después de dejar de tomarlo.
En raras ocasiones, se han notificado reacciones durante el uso de metronidazol vaginal.
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