El diagnóstico de la lepra es esencialmente clínico. El hallazgo de bacilos ácido-alcohol resistentes en frotis de piel o mucosa nasal es altamente sugestivo de la enfermedad.
El diagnóstico definitivo se establece cultivando los organismos en las almohadillas plantares de ratones o armadillos. Esto es costoso y requiere mucho tiempo. La reacción en cadena de la polimerasa puede proporcionar una detección rápida y sensible de Mycobacterium leprae, pero no está ampliamente disponible.
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