Los mastocitos se encuentran ampliamente en el tejido conjuntivo. Sin embargo, se concentran alrededor de los pequeños vasos sanguíneos de la piel, las mucosas y las cápsulas de los órganos.
Son numerosos en todo el sistema linfoide, sobre todo en el timo, pero no están presentes en el bazo.
Curiosamente, el tejido conjuntivo del sistema nervioso central carece de mastocitos: presumiblemente se trata de una respuesta adaptativa para evitar el edema alérgico.
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