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La trimetoprima inhibe la enzima dihidrofolato reductasa, que interviene en la conversión del ácido fólico en ácido folínico (tetrahidrofólico). La inhibición de la enzima es 50000 veces mayor en las bacterias que en el hombre, por lo que la trimetoprima es relativamente segura, aunque su uso prolongado con dosis completas puede interferir en la hemopoyesis.
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