El tratamiento óptimo del ictus cardioembólico agudo representa un equilibrio entre la reducción de la recurrencia precoz de la embolia y la precipitación de una hemorragia cerebral secundaria. Alrededor del 12% de los pacientes con un ictus cardioembólico agudo sufren una recurrencia en un plazo de 2 semanas; la cifra aumenta hasta el 20% si hay fibrilación auricular asociada.
La heparina intravenosa debe administrarse 48 horas después del episodio. El retraso se debe a la propensión de los ictus cardioembólicos a sufrir una transformación hemorrágica secundaria. La anticoagulación debe retrasarse hasta 7-10 días después del acontecimiento si hay déficits neurológicos graves.
Los antibióticos per se se asocian a una menor recurrencia cuando la sospecha es de endocarditis infecciosa.
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