La presentación exacta es variable, y dependerá del tipo de endocarditis, es decir, aguda, subaguda o protésica, etc. (1)
La tríada diagnóstica clásica es
- fiebre persistente
 - émbolos
 - soplos nuevos o cambiantes.
 
Otras características posibles son:
- infecciosa - fiebre - puede ser de bajo grado, especialmente en los ancianos, a menudo con rigores; pérdida de peso y anorexia; malestar; sudores nocturnos; clubbing después de 1-2 meses - ahora raramente visto; esplenomegalia; anemia, generalmente normocítica, raramente, hemolítica; artritis
 - cardiaca - soplos; insuficiencia cardiaca
 - Eventos embólicos - émbolos cerebrales que producen ictus; aneurisma micótico, que puede causar hemorragia subaracnoidea o afectar a la arteria poplítea; émbolos pulmonares recurrentes en la endocarditis derecha.
 - renal - hematuria por embolia con infarto; proteinuria leve por fiebre; nefritis generalmente proliferativa focal pero puede ser difusa
 - vasculítica - hemorragias en astilla; nódulos de Osler; lesiones de Janeway; manchas de Roth; vasculitis
 
1. Sociedad Europea de Cardiología (Ago 2023). 2023 ESC Guidelines for the management of infective endocarditis.