La teoría en la que se basa el uso de antibióticos locales para la enfermedad periodontal es que se consigue una concentración elevada y sostenida de antibiótico en el lugar necesario con pocos efectos sistémicos. Los geles antibióticos son un ejemplo de agente local; se introducen con una jeringa directamente en la bolsa de la enfermedad.
Algunos ejemplos de preparados disponibles en el mercado son el gel de Minociclina y el gel de Metronidazol. No hay pruebas claras de que ninguno de estos agentes sea mejor que el desbridamiento convencional solo para zonas poco profundas de inflamación.
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