A partir de la cuarta semana de gestación, el canal auriculoventricular se agranda y se desplaza relativamente hacia la derecha dentro del corazón. Se sitúa aproximadamente en el plano coronal con respecto al resto del cuerpo. En esta fase, es inferior, ventral y distal a la aurícula primitiva; es dorsal y proximal al ventrículo primitivo. En los márgenes de la apertura se produce un crecimiento excesivo de mesénquima que forma crestas que estrechan el surco: los cojines endocárdicos:
Al inicio de la sexta semana, los cojines endocárdicos superior e inferior se fusionan centralmente para dividir el canal auriculoventricular en orificios auriculoventriculares derecho e izquierdo. Los cojines endocárdicos laterales no se fusionan (la fusión destruiría los orificios auriculoventriculares recién formados), sino que contribuyen a la formación de las válvulas auriculoventriculares (véase el submenú).
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