La atresia de coanas unilateral suele presentarse tardíamente en forma de secreción nasal unilateral y obstrucción nasal.
La atresia de coanas bilateral pone en peligro la vida; los recién nacidos son respiradores nasales obligados y tienen una necesidad muy fuerte de respirar por la nariz incluso cuando ésta está totalmente obstruida. Suelen presentar dificultad respiratoria al nacer. A menudo presentan cianosis cuando no están llorando, ya que el llanto es el único momento en que un neonato respira por la boca.
Clínicamente, el diagnóstico puede hacerse por la imposibilidad de pasar una sonda nasogástrica.
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