La ECMO presenta problemas asociados a los ensayos clínicos de eficacia:
- el paciente no puede consentir o rechazar el tratamiento por sí mismo - la provisión de una terapia estándar reconocida es legal y éticamente obligatoria
- el tratamiento innovador/experimental está restringido por normas legales y éticas
- siempre se ha comparado con controles históricos de tratamiento convencional, pero este último ha mejorado
aún no se ha confirmado que las siguientes complicaciones se produzcan con mayor frecuencia
- insuficiencia renal debida a trombosis aórtica
- edema grave y hemorragias en las zonas quirúrgicas
- hemorragia intraventricular e intracraneal
- secuelas neurológicas, por ejemplo hipoacusia neurosensorial
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