El seno venoso trombosado presenta inicialmente un coágulo rojo suelto que con el tiempo se vuelve pálido y adherente a las paredes del vaso. En caso de etiología infecciosa, el coágulo puede colonizarse, y esta infección puede propagarse localmente a las leptomeninges o a un absceso, o sistémicamente a través de émbolos sépticos.
El territorio del seno afectado presenta edema congestivo e incluso infarto venoso hemorrágico.
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