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El principio de la hibridación in situ consiste en utilizar ADN o ARN marcado del gen de interés para identificar un segmento coincidente dentro del genoma. Esto puede mostrarse como una posición separada en un cromosoma o, como un área marcada dentro de una célula individual o región dentro de un tejido.
El ADN del gen puede sintetizarse por clonación complementaria de ADN a partir de ARN mensajero o por aislamiento del ADN a partir de una biblioteca cromosómica específica. El ADN se convierte en una sola cadena antes de ser radiomarcada y añadida a una preparación cromosómica estándar.
La secuencia de ADN complementaria se revela mediante autorradiografía o imágenes fluorescentes.
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